しかしローカル路線が多く、幹線路線もJRの電化により利用者が減少し、2004年1月には会社更生法の手続きをしました。
経営再建の中で、府北部の舞鶴支社管内の事業については、2005年4月から日本交通の子会社に譲渡されました。

これにより従来からの「更生会社京都交通株式会社」（本社 亀岡市）と、日本交通（大阪）100％出資の子会社「京都交通株式会社」と、2つの京都交通が存在し、バス車体カラーも同じということになりました。

府南部・府北部とも、2005年4月1日に路線再編が実施されました。
綾部市内・園部町内・宮津市内の路線バスは廃止になり、園部営業所が閉鎖されました。
亀岡市内の一部路線は亀岡市の自主運行で「亀岡ふるさとバス」となりました。（運行は京都交通）

府南部の観光バス事業（中山営業所の貸切部門）は2004年12月末で撤退になりましたが、沿線学校などの団体用に若干数が残りました。

2005年7月1日付けで府南部の事業が京阪バス100％出資の子会社「京阪京都交通」（本社 亀岡市）にすべて譲渡されました。