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2005年4月1日に全線で路線再編が実施されました。
府北部は路線再編とともに日本交通の子会社『新京都交通』（4月1日から『京都交通』に改称）に営業譲渡されました。

■国道本線

スーパー特急　特急 快速が運行されていた舞鶴〜京都間の国道本線は、京都府北部の京都交通により運行されます。京都駅前始終着となり、舞鶴〜綾部大橋はスーパー特急の運行パターン、綾部大橋〜京都駅前間はノンストップになりました。
これにより快速の経路の大井IC〜国道9号線〜丹波町、和知町内旧道区間が廃止されました。
国道9号線上の水戸・須知、国道27号線上の安栖里・出野癌封寺前・和知広瀬・立岩・山家・味方車庫前・淵垣・梅迫・上杉・黒谷の各停留所が廃止、丹波町役場前・富田・下山グリーンハイツ前・下山・白土・和知中山・升谷橋・和知は丹波町スクールバスのみ停車になりました。

五条経由、四条河原町〜仏舎利塔前・千代川駅前間の系統は廃止になりました。
園部営業所・四条河原町案内所・須知案内所は閉鎖になりました。

■京都市内

府南部の京都交通では今回の再編から系統番号制になりました。（ダイヤモンドシティ線・亀岡市コミュニティバス・丹波町スクール線を除く）
北限は丹波町スクールバスの和知、一般路線では園部です。

側面方向幕

五条通は桂坂中央〜五条通〜京都駅前の系統が新設されましたが、烏丸五条〜四条河原町間は廃止になりました。

亀岡駅前〜七条経由〜京都駅前は[2系統]となり、平日日中は20分間隔に増便、平日ラッシュ時は[1系統]亀岡駅前〜桂駅東口の系統が20分間隔で運行され、[2系統]の運行はありません。土休日は[2系統]が終日30分間隔です。

洛西線は洛西バスターミナル〜京都駅八条口間の系統と、桂坂中央・洛西バスターミナル〜洛西口駅間の系統が廃止されました。
洛西バスターミナル〜桂駅東口間の系統は[10系統][15系統][快速16系統]に再編、増発され、ラッシュ時は快速10分間隔、日中は20分等間隔運転に増便されました。

桂坂線は[循20系統]桂駅東口〜京大桂キャンパス〜東桂坂〜桂坂中央の新設（ラッシュ時10分　日中20分間隔）、[21系統][27系統]桂坂中央〜五条通〜京都駅前の系統が新設など、大増発されました。
桂坂中央〜京都駅前間の系統は[26系統]桂坂中央〜西桂坂〜中山〜桂駅東口〜桂小橋〜京都駅前が20分間隔、五条経由[21系統][27系統]が平日30分間隔、土休日60分間隔など、再編、増便されています。

桂大橋〜大門町間は桂小橋・葛野大路八条経由の経路が新設され、[26系統]は桂小橋・葛野大路八条経由で運行されます。

沓掛線は沓掛・国道沓掛〜桂駅東口・京都駅前の系統、成章高校前〜四条河原町の系統が廃止されました。

◆新設停留所
西京極小学校前・葛野大路八条・桂小橋・越畑フレンドパーク前・土ヶ畑・土ヶ畑口・クルビ谷・市民プール前・穴太・おばた橋・穴太寺前

◆24の停留所で名称が変更されました。
（旧名称）→（新名称）
桂大橋東詰→桂大橋
桂駅前→桂駅東口
三の宮→三ノ宮
洛西ニュータウン北口→国道沓掛口
仏舎利塔前→沓掛西口
前田町→上桂前田町
京都市スポーツセンター前→西京極運動公園前
五条千本→京都リサーチパーク前
国道三の宮→国道三ノ宮

市農協→JA京都本店前
千代川駅前（国道）→国道千代川
八木駅前（国道）→国道八木
八木町→八木大堰橋
八木農協前→JA八木支店前
神吉→神吉小学校前
公民館前→神吉公民館前
車庫前→神吉上
安定所前→園部町役場前
河原林農協前→河原林口
法貴倉庫前→法貴口
井出農協前→本梅小学校前
本梅車庫前→本梅
吉田倉庫前→吉田東
吉田→吉田中

■亀岡地区

国道線は、亀岡〜国道経由〜園部間の系統が園部駅西口発に変更[3系統]、亀岡駅前〜千代川駅前間の系統が新設されました。[5系統]
八木駅前〜園部営業所前間の系統は廃止されました。

亀岡駅前〜穴太寺前〜亀岡駅前の新路線[59系統]が新設、つつじヶ丘線では[循30系統][循31系統]に再編、増便されました。
休日運転の京都駅前〜妙見山1往復は廃止になりました。

東別院線の学園大学〜大歳・甘露寺、余野線の学園大学前〜神地（神地〜余野のバス路線は消滅）、畑野線国道佐伯〜広野、千代川線の広野〜千代川駅前、馬路線（亀岡駅前〜国分・河原林経由千代川駅前）は亀岡市の自主運行『亀岡ふるさとバス』になりました。運行は引き続き京都交通です。

■園部地区

園部町内の城南線・口司線・二本松線・園部るり渓線・殿谷線・癒しの森線が廃止されました。

再編後に園部町へ乗り入れる路線は国道線（園部駅西口〜国道9号線経由〜亀岡駅前）、八田線（園部駅西口〜八田〜亀岡駅前）、園篠線（園部駅西口〜福住）だけになりました。
八田線・園篠線は、園部町内の園部駅西口〜園部大橋間が国道9号線 園部駅前・本町口経由から、栄町・淇陽学校前・園高前経由に変更され、園部町役場前バス停が新設されました。

丹波町スクールバスは和知〜須知高校前、白土〜丹波町役場前各1往復のみになり、今年10月11日に廃止予定です。

今回の路線再編により園部営業所が廃止になりました。
園部営業所は国道本線急行、八木ローカル、園部ローカル、八田線、園篠線、癒しの森線、丹波町スクールバスを受持ちしていましたが、2004年10月23日ダイヤ改正で急行が廃止となり、規模が小さくなっていました。

再編後は八木ローカル、八田線、丹波町スクールバス、園篠線は亀岡営業所受持ちになりました。

路線再編による綾部ローカルの廃止、園部営業所の廃止により、旧型車両が大量に廃止になり、園部営業所所属の経年の新しい車両が亀岡営業所へ転属した他、亀岡営業所と中山営業所の間で一部車両が交換されました。